La contamination des champignons est l’un des plus grands défis auxquels sont confrontés la plupart des cultivateurs de champignons.
Que vous soyez un cultivateur de champignons débutant ou expérimenté, vous ne pouvez pas précipiter le processus de culture des champignons et sauter des étapes vitales qui aident à prévenir la contamination.
Mais qu'est-ce que la contamination par les champignons et pourquoi est-ce si grave ?
Poursuivez votre lecture pour découvrir ce qu'est la contamination par les champignons, les types de contamination et les causes courantes, ainsi que des conseils pour vous aider à prévenir la contamination par les champignons.
La contamination est l'expression utilisée pour désigner les organismes ou micro-organismes indésirables qui interfèrent avec la croissance des champignons et provoquent des problèmes à long terme ou de mauvaises récoltes.
Les contaminants peuvent se trouver dans votre substrat ou sur votre mycélium ou vos champignons et se propagent souvent rapidement dans les conditions de la pièce de culture.
Les spores de champignons peuvent-elles être contaminées ?
Les spores des champignons ont une paroi cellulaire extrêmement résistante et solide avec une structure unique. Cette paroi cellulaire protège les spores des conditions environnementales extrêmes et de la contamination.
Mais lorsque vous faites une empreinte de spores pour collecter des spores pour une seringue de spores, il est impossible de séparer les spores microscopiques des bactéries qui pourraient être collectées avec les spores.
Les températures nécessaires pour tuer les bactéries tueraient également les spores. Cela signifie que la plupart des seringues à spores contiennent des contaminants bactériens et qu'il est préférable de les utiliser pour inoculer des grains stérilisés, et non des plaques de gélose.
Les bactéries se développent bien sur la gélose et le mycélium des champignons a souvent du mal à rivaliser efficacement, mais lorsqu'il est introduit directement dans les céréales, le mycélium surpasse généralement tous les contaminants bactériens.
Types de contamination par les champignons
Il existe plusieurs types de contamination par les champignons causée par divers organismes, notamment :
Contamine bactérienne
Les bactéries sont des organismes microscopiques unicellulaires que l’on trouve partout, même à l’intérieur de notre corps.
Comme les champignons, les bactéries apprécient les conditions humides et prospèrent dans les conditions de croissance que nous créons pour les champignons.
La contamination bactérienne est généralement le résultat d'une eau, d'un substrat ou d'un équipement contaminés et peut être évitée en utilisant des substrats stérilisés et des surfaces de travail et des outils propres et stériles.
Contamine fongique
Les champignons producteurs de champignons ne sont pas les seuls à profiter des conditions humides et riches en nutriments à l'intérieur d'un substrat de champignon.
La moisissure se développe également dans ces conditions et, comme les champignons, les moisissures contiennent des spores microscopiques en suspension dans l'air qui flottent dans l'environnement qui nous entoure.
Les contaminants fongiques peuvent se trouver à l'intérieur des substrats ou sur votre équipement, et les spores fongiques en suspension dans l'air contaminent souvent les substrats lors de l'inoculation.
L'inoculation de votre substrat dans une boîte à air calme ou à gants ou devant une hotte à flux laminaire peut aider à empêcher tout contaminant en suspension dans l'air de pénétrer dans votre substrat.
Contamina nuisible ou parasitaire
Les insectes et autres organismes parasites qui se nourrissent du mycélium et des fructifications des champignons posent problème à de nombreux producteurs de champignons.
De nombreux parasites minuscules, presque microscopiques, prospèrent dans les substrats de paille et de compost utilisés pour la culture des champignons et se nourrissent du mycélium, provoquant des dommages et une croissance anormale.
D’autres insectes, plus visibles, se nourrissent des champignons eux-mêmes.
Le maintien d'un assainissement adéquat, l'utilisation de frai et de substrats de qualité et la mise en œuvre de stratégies de lutte antiparasitaire aident à prévenir ce type de contamination.
Contamine virale
Comme les humains, les champignons peuvent également être infectés par des virus, provoquant une croissance anormale des champignons et une réduction des rendements.
Les virus qui infectent les champignons sont appelés mycovirus et utilisent des hyphes fongiques et du mycélium pour survivre et se propager.
Pour aider à prévenir la contamination virale, achetez toujours du blanc de champignon de haute qualité et sans virus auprès d'un fournisseur réputé.
Une bonne hygiène et le maintien de la propreté de votre espace de travail, de vos outils et de votre équipement réduiront également les risques d'introduction de virus.
11 contaminants courants liés aux champignons
Vous trouverez ci-dessous une liste de certains des contaminants de champignons les plus courants rencontrés par les cultivateurs.
Contaminants fongiques
Les moisissures sont des contaminants fongiques et probablement les contaminants fongiques les plus courants de tous. Ils sont extrêmement dangereux dans un espace de culture de champignons car ils se reproduisent et se propagent rapidement.
De nombreux contaminants fongiques pourraient avoir un impact sur vos efforts de culture de champignons, mais nous allons nous concentrer sur six des plus courants, notamment :
1. Aspergillus spp.
Aspergillus est une famille de moisissures que l'on trouve couramment dans l'air intérieur, la poussière, le sol et le bois et qui sentent le moisi ou la saleté humide.
Il produit des spores microscopiques qui peuvent parcourir des distances importantes et constitue un contaminant courant des substrats de champignons.
Le mycélium d'Aspergillus est généralement gris clair avec une croissance linéaire filiforme semblable à celle du mycélium de champignon, ce qui le rend difficile à repérer avant qu'il ne produise des structures porteuses de spores ou des sporophores.
Il existe plusieurs types de moisissures Aspergillus, et leurs sporophores varient en forme et en couleur, le gris, le jaune, le vert, le bleu et le noir étant les plus courants.
En raison de leur apparence si variée, il peut être difficile de différencier Aspergillus des autres espèces de moisissures qui contaminent les substrats des champignons.
2. Trichoderma spp.
Trichoderma est l'un des contaminants les plus faciles à reconnaître et a la réputation d'être le contaminant le plus courant dans la culture des champignons et également l'un des plus difficiles à contenir.
Ce genre de moisissures vertes se trouve dans le sol et leurs spores adhèrent aux particules de poussière qui les transportent à l'intérieur.
Trichoderma peut apparaître à n'importe quelle étape du processus de culture et connaît une croissance exceptionnellement rapide, colonisant rapidement un substrat et supplantant le mycélium du champignon.
Ces moisissures ne se contentent pas de croître rapidement. Ils produisent également des enzymes qui dégradent les parois cellulaires du mycélium des champignons, inhibant la croissance ou tuant le mycélium.
Le premier signe de contamination par Trichoderma est une couche à croissance rapide de mycélium duveteux d'un blanc éclatant qui semble s'élever au-dessus de la surface du substrat.
Ce mycélium peut parfois être difficile à distinguer du mycélium du champignon, mais une fois que le Trichoderma produit ses spores bleu-vert vif, il est facile à identifier.
Si vous voyez Trichoderma sur votre substrat, retirez immédiatement le substrat contaminé et nettoyez la zone environnante ainsi que tous les outils avant qu'il n'ait une chance de se propager.
3. Pénicillium spp.
Le Penicillium est une autre moisissure courante que l'on trouve à l'intérieur et, comme Aspergillus, ses minuscules spores restent en suspension dans l'air pendant de longues périodes.
Le pénicillium se trouve généralement dans les plaques de gélose et les pots de levain de céréales et est rarement observé sur les champignons après le frai.
Si Penicillium apparaît après l'épinglage, cela n'affecte généralement pas de manière significative les rendements.
Le mycélium de Penicillium est blanc et pousse généralement en cercles, produisant des spores vertes ou jaunes peu de temps après son apparition.
4. Moisissure à Pain Orange (Neurospora Crassa)
La moisissure du pain orange connaît une croissance exceptionnellement rapide et est très courante dans les régions tropicales et subtropicales car elle bénéficie de conditions chaudes et humides.
Il prospère dans le bois humide, le compost et le marc de café, et on le trouve parfois dans les machines à café.
Bien qu'inoffensive pour les humains, cette moisissure orange vif surpasse facilement le mycélium des champignons.
Au début, cela ressemble à de fines volutes blanc-orange qui se transforment rapidement en taches poudreuses orange vif. Si vous les manquez à ce stade, ils continuent de croître, produisent des formations grumeleuses rondes orange et libèrent leurs spores.
La moisissure du pain orange peut apparaître, se développer et sporuler en 8 à 12 heures, et si on la laisse se développer, elle pourrait se propager à d'autres blocs de fructification, détruisant une récolte entière.
Si vous rencontrez de la moisissure à pain orange, scellez le substrat contaminé dans un sac en plastique et jetez-le immédiatement.
Si la moisissure a atteint le stade grumeleux, essayez de ne pas la déranger, car elle libérerait un nuage de fines spores orange et se propagerait.
5. Moisissure en toile d'araignée (Hypomyces Rosellus)
La moisissure des toiles d'araignées apprécie les environnements avec peu de circulation d'air et une humidité élevée et infecte généralement les pots à céréales et les chambres de fructification monotub.
Bien que cette moisissure soit gris clair et non blanche, les débutants ont parfois du mal à distinguer la moisissure en toile d'araignée du mycélium de champignon, mais une inspection plus approfondie sera utile.
La moisissure en forme de toile d'araignée se développe en touffes vaporeuses au-dessus du substrat et dégage une odeur perceptible d'humidité et de moisi.
Il se forme souvent vers la fin de l'incubation, lorsque le substrat est entièrement colonisé et prêt à fructifier, et peut recouvrir un pot ou un monotub entier en 24 à 48 heures.
Les moisissures en toile d’araignée parasitent d’autres champignons. S'ils ne sont pas traités, ils peuvent provoquer l'avortement des tiges de champignons ou la pourriture des champignons mûrs.
Si vous repérez la moisissure en toile d’araignée à ses débuts, vous pouvez l’éliminer en pulvérisant une solution de peroxyde d’hydrogène à 3 % sur la zone infectée. Cela n'endommagera pas le mycélium de votre champignon mais tuera toute moisissure en forme de toile d'araignée dans votre pot ou monotub.
6. Moisissure à Pain Noir (Rhizopus Stolonifer)
La moisissure du pain noir ou de la tête d'épingle a la même apparence vaporeuse que la moisissure de la toile d'araignée, mais développe de minuscules têtes d'épingle noires aux extrémités de son mycélium qui produisent des spores.
Cette moisissure se développe rapidement et est souvent la première à apparaître sur le pain rassis. Il pousse généralement à l'intérieur et se trouve dans le sol, la poussière et l'air.
Ce n’est pas seulement aéroporté. Les moucherons des champignons et les mouches des fruits propagent également les spores de la moisissure noire sur les blocs de fructification des champignons.
La moisissure du pain noir a un mycélium dense qui est d'abord blanc, devenant gris puis noir à mesure que se forment les minuscules têtes d'épingle noires.
Lorsque cette moisissure atteint un stade identifiable, il est préférable de se débarrasser du substrat contaminé et de recommencer, car l'inhalation des spores ou la consommation de champignons cultivés à proximité de la moisissure du pain noir peuvent provoquer des maladies chez certaines personnes.
Contaminants bactériens
Comme les contaminants fongiques, il existe de nombreux contaminants bactériens, mais les deux ci-dessous sont les plus courants.
7. Bacillus spp.
Bacillus est à l'origine de la contamination bactérienne la plus courante dans la culture des champignons, que les producteurs appellent « pourriture aigre » ou « point humide ».
Cette contamination se trouve couramment au fond des pots à céréales et des monotubs et tire son nom de son odeur aigre et de son aspect gris visqueux.
Les endospores de bacilles dormants sont résistantes à la chaleur et peuvent survivre à la stérilisation. Pour les tuer, il est donc préférable de faire tremper vos grains à température ambiante pendant 12 à 24 heures avant la stérilisation.
Cela encourage les endospores à germer, et une fois germées, elles ne résistent plus à la chaleur et la stérilisation les tuera.
Vous pourrez peut-être séparer la contamination par les bacilles du reste du substrat mycélien si vous trouvez une petite zone localisée.
Les cultivateurs recommandent de retirer la tache visqueuse avec une cuillère stérilisée.
8. Pseudomonas spp.
Les bactéries Pseudomonas sont naturellement présentes et généralement inoffensives pour les fructifications des champignons, mais un excès d'eau à la surface des champignons pose des problèmes.
L'excès d'eau causé par une brumisation excessive, une condensation ou un échange d'air insuffisant augmente la quantité de pseudomonas présente.
Et en grande quantité, les enzymes qu’ils produisent dégradent les parois cellulaires du champignon, provoquant des taches brunes.
Au début, ces taches n’affectent généralement pas le goût ou la texture des champignons. Mais lorsqu'il est laissé dans des conditions humides, il peut progresser, créant des taches plus grandes, brunes et visqueuses et dégradant des parties du chapeau du champignon.
Assurer un échange d'air adéquat pour empêcher les gouttelettes d'eau de rester sur les champignons pendant de longues périodes est le meilleur moyen d'empêcher cette bactérie d'endommager votre culture.
Contaminants nuisibles
De nombreux ravageurs qui endommagent les cultures de champignons sont microscopiques et vous ne saurez pas qu'il y a un problème avant qu'il ne soit trop tard.
Des mesures préventives telles que la pasteurisation, la stérilisation, les moustiquaires ou les espaces de culture hermétiques avec de l'air filtré contribuent toutes à prévenir la contamination par les parasites.
Vous trouverez ci-dessous trois contaminants nuisibles courants dans la culture des champignons.
9. Acariens
Les acariens se trouvent généralement dans les substrats comme la paille ou le fumier, et si certains sont bénéfiques à la culture des champignons, d'autres endommagent les cultures de champignons.
Acariens tarsonémidés microscopiques , par exemple, se nourrissent d'hyphes de champignons et, en nombre suffisant, peuvent manger à travers une tige de champignon, la détachant du substrat.
Même si vous ne pouvez pas voir ces acariens, vous saurez que vous avez un problème si vous remarquez une décoloration brun rougeâtre à la base des tiges de vos champignons.
Acariens tyroglyphidés se nourrissent également de mycélium et de champignons, faisant de petits trous dans leurs chapeaux qui deviennent des terrains fertiles pour les contaminants bactériens.
Et puis il y a les acariens du poivron rouge qui se nourrissent de moisissures et non de champignons.
Bien qu'ils ne mangent pas vos champignons, la présence de nombreux petits acariens brun jaunâtre dans votre espace de culture signifie généralement qu'il y a du Trichoderma à proximité, et ils le propageront dans toute la salle de culture.
Il est crucial de pasteuriser correctement votre substrat pour tuer les acariens, car une fois qu'ils pénètrent dans votre espace de culture, il est difficile de s'en débarrasser.
10. Insectes
Il existe plusieurs mouches et moucherons dont les larves se nourrissent de fructifications de mycélium et de champignons.
Et ce ne sont pas seulement les larves qui causent des dégâts. Les mouches adultes sont super actives et transportent les contaminants bactériens et fongiques d'un bloc de fructification à un autre.
Vous trouverez ci-dessous deux parasites courants que vous voudrez éloigner de votre espace de culture :
- Mouches sciaridées ou moucherons des champignons – Ce sont les contaminants nuisibles les plus courants et ils endommagent les cultures de champignons à chaque étape du processus, de l’incubation à la récolte. Leurs larves se nourrissent du mycélium des champignons et creusent des tunnels dans les fructifications des champignons en développement, causant des dommages qui conduisent souvent à une pourriture molle.
- Cécid vole – Les larves de ces mouches sont les plus dangereuses car elles se multiplient rapidement et se propagent en s’accrochant aux outils et équipements. Ils se nourrissent du mycélium, des tiges et des branchies des champignons matures, provoquant d'importantes pertes de récoltes.
11. Nématodes
Les nématodes sont des organismes microscopiques présents dans la plupart des sols et généralement considérés comme bénéfiques pour la santé des sols, mais plusieurs nématodes se nourrissent de mycélium de champignon.
Les nématodes sont plus courants dans les substrats à base de fumier ou de compost, et la meilleure façon de prévenir une infestation est de garantir des procédures de pasteurisation correctes.
Le premier signe d’une infestation de nématodes est la dégénérescence du mycélium du champignon. Finalement, le mycélium infecté est détruit et aucun champignon ne se forme.
Causes courantes de contamination
De nombreux contaminants liés à la culture des champignons sont microscopiques et facilement transportés de diverses manières dans l'environnement de culture des champignons.
Vous trouverez ci-dessous quelques-unes des causes courantes de contamination :
Contamination aéroportée
L'air qui nous entoure est plein de spores fongiques, de bactéries, de virus et d'autres organismes qui pourraient contaminer votre substrat, vos champignons ou votre chambre de fructification.
Les contaminants en suspension dans l'air sont les plus dangereux lors de l'inoculation, car vous devez souvent exposer votre substrat stérilisé à l'air lors de l'insertion de la culture ou du frai des champignons.
Pour minimiser la quantité de contaminants en suspension dans l'air atteignant leurs substrats, les cultivateurs de champignons recommandent d'inoculer dans une boîte à air calme ou devant une hotte à flux laminaire.
Les chambres de fructification et les salles de culture peuvent également devenir des terrains fertiles pour des organismes indésirables qui endommagent les cultures de champignons.
Cela est généralement dû à une mauvaise ventilation, qui entraîne des niveaux élevés de dioxyde de carbone et un excès d’humidité. Conditions de croissance idéales pour les organismes nuisibles en suspension dans l'air.
Contamination du substrat
Les matières organiques riches en nutriments que les producteurs de champignons utilisent comme substrats constituent également un terrain fertile pour les spores fongiques et les bactéries indésirables.
Cela signifie que votre substrat peut également introduire des contaminants dans le processus de culture, c'est pourquoi il est toujours préférable de se procurer des substrats de haute qualité qui sont aussi propres que possible au départ.
Ensuite, selon le type de substrat et les espèces de champignons que vous cultivez, vous devrez pasteuriser ou stériliser votre substrat.
La pasteurisation réduit le nombre d'organismes concurrents mais ne les tue pas tous. La stérilisation élimine tous les organismes indésirables, donnant à votre mycélium de champignon la meilleure longueur d'avance possible.
Contamination d'origine hydrique
Des niveaux d’humidité élevés sont nécessaires pendant tout le processus de culture des champignons. Pour maintenir ces niveaux, vous avez besoin d'eau.
Utiliser de l'eau polluée dans votre humidificateur ou lors de la brumisation de vos champignons peut introduire des moisissures, des bactéries ou des virus dans votre environnement de culture.
Bien que la contamination d'origine hydrique ne soit pas aussi courante que la contamination de l'air ou des équipements, vous pouvez contribuer à prévenir la contamination d'origine hydrique dans les chambres de fructification en utilisant de l'eau stérilisée.
Contamination de l'équipement
Les équipements et outils qui ne sont pas soigneusement nettoyés peuvent introduire des micro-organismes nocifs dans votre substrat ou votre environnement de culture.
Ceci est particulièrement pertinent pendant le processus d'inoculation lorsque vous travaillez avec des substrats stérilisés.
Il est essentiel d'essuyer votre surface de travail et tous vos outils avec de l'alcool et de stériliser les scalpels et les aiguilles à la flamme pour empêcher l'équipement d'introduire des contaminants pendant l'inoculation.
Vous devrez également nettoyer tout équipement que vous comptez utiliser à l'intérieur de votre chambre de fructification, comme des thermomètres ou des hygromètres, avec un chiffon et un peu d'alcool.
De plus, si vous utilisez un humidificateur pour maintenir les niveaux d'humidité, vous devez l'inspecter et le nettoyer régulièrement pour vous assurer qu'il ne devient pas un terrain fertile pour les organismes nuisibles.
Contamination par contact humain
Le contact humain est l’une des sources de contamination les plus courantes lors de la culture des champignons. Les micro-organismes ne sont pas seulement présents dans l’air qui nous entoure. Ils sont également présents dans nos cheveux, sur nos mains et nos vêtements.
Avant de travailler dans votre environnement de culture de champignons, il est conseillé de prendre une douche, d'utiliser un désinfectant pour les mains et de mettre des vêtements propres ou une blouse de laboratoire.
Le port de gants, de masques et de filets à cheveux contribue également à réduire les risques d'introduction de contaminants dans l'environnement de culture des champignons.
Signes d'alerte précoces de contamination
La contamination peut être très difficile à détecter, surtout au début, mais il y a quelques signes à surveiller, notamment :
- Signes visuels de moisissure
- Zones de frai ou de substrat non colonisées
- Fortes odeurs pouvant être acides en cas de contamination bactérienne ou de moisi en cas de contamination fongique
- Croissance anormale
- Patchs gluants
- Taches ou stries jaunes ou brunes
Impact de la contamination sur le rendement des champignons
L'impact de la contamination sur les rendements des champignons est important. Cela peut inhiber la croissance, provoquer des déformations ou faire échouer une récolte entière.
Les contaminants qui entrent en compétition avec le mycélium du champignon pendant la phase d'incubation peuvent complètement supplanter le mycélium, entraînant un échec de la colonisation et l'absence de champignons.
La contamination après l'épinglage peut provoquer des fructifications déformées, des rendements plus faibles ou des champignons décolorés impropres au marché.
Les fruits du mycélium seront-ils contaminés ?
Le mycélium contaminé peut fructifier si la contamination se produit lorsque la colonisation est presque complète, ce qui signifie que le mycélium a consommé la plupart des nutriments du substrat.
Étant donné que de nombreux contaminants se nourrissent non seulement du substrat mais également du mycélium lui-même, vous devrez également capturer tous les contaminants dès les premiers stades avant qu’ils n’affaiblissent le mycélium.
Vous pourrez peut-être isoler et éliminer les petites taches de contamination bactérienne avant qu'elles ne se propagent, laissant le mycélium restant au fruit.
Et la pulvérisation de certaines moisissures à un stade précoce avec une solution de peroxyde d’hydrogène les détruira, permettant ainsi au mycélium de fructifier. Mais vous pourriez avoir des rendements plus faibles.
Conseils pour prévenir la contamination
Cultiver des champignons est une compétence, et comme toutes les compétences, il faut de la pratique et des essais et des erreurs pour apprendre ce qui vous convient le mieux.
La contamination est l’un des obstacles les plus courants rencontrés par les cultivateurs de champignons débutants. Alors, comment pouvons-nous prévenir la contamination dans la culture des champignons ?
La réponse est de réduire ou d'éliminer l'exposition à l'air, aux équipements et aux personnes contaminés.
Voici quelques conseils pour éviter la contamination :
- Utilisez uniquement des substrats qui ont été maintenus secs et propres
- Stériliser correctement le substrat avant l'inoculation
- Inoculer devant une hotte à flux avec des filtres à air HEPA
- Créer de l'air filtré HEPA à pression positive à l'intérieur d'un laboratoire de champignons ou d'une salle blanche pour l'inoculation
- Portez un masque facial, des gants chirurgicaux et une combinaison Tyvek pendant l'inoculation
- Isolez immédiatement tous les champignons infectés pour empêcher la contamination de se propager
- Retirez immédiatement tout substrat contaminé des salles de culture
- Sceller les salles de culture avec des moustiquaires pour bloquer l'accès aux mouches
- Accrochez des bandes anti-mouches dans votre salle de fructification pour attraper et surveiller les populations d'insectes
- Bien se laver les mains avant la récolte
Découvrez la différence entre la pasteurisation et la stérilisation et comment elles contribuent à prévenir la contamination.
Réflexions finales
Même si la liste des contaminants potentiels peut sembler intimidante, surtout pour les débutants, elle n’est pas aussi grave qu’il y paraît.
De nombreuses espèces de champignons gastronomiques délicieux, comme les pleurotes et les champignons shiitake, ont des mécanismes adaptés pour faire face aux concurrents.
Leur mycélium se développe rapidement et, une fois établi, sécrète une enzyme qui peut tuer de petites quantités de moisissures, ce qui rend leur croissance difficile.
Nous suggérons aux cultivateurs de champignons débutants de commencer par les pleurotes, car ils sont robustes et à croissance rapide, ce qui réduit les risques de contamination et facilite l'expérience des merveilles de la récolte de votre première récolte de champignons.
Pour en savoir plus sur la culture de champignons de manière low-tech, visitez notre centre de culture de champignons ou essayez l'un de nos cours de culture de champignons.
