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Utiliser le séquençage de l'ADN pour montrer pourquoi la rotation des cultures fonctionne

La rotation des cultures fonctionne tout simplement. Depuis aussi loin que l'Empire romain, les agriculteurs le savent. Lors de la rotation des cultures, la nutrition et le rendement des plantes s'améliorent, et les agriculteurs ont plus de contrôle sur la propagation des maladies. Mais après tout ce temps, nous ne savons toujours pas pourquoi cela se produit. Une nouvelle étude en La revue ISME aide à révéler la réponse.

"Il y a eu beaucoup, beaucoup d'études agronomiques où vous alternez différentes cultures et regardez simplement les rendements des cultures sur une autre année, " a déclaré Philip Poole, professeur et chercheur au John Innes Center au Royaume-Uni, où la nouvelle étude a été réalisée. Le centre est un chef de file en génétique végétale.

"Le problème a été de comprendre comment vous changez les microbes, ", a déclaré Poole. "Il y en a jusqu'à 50, 000 espèces différentes de microbes dans le sol. Parce qu'ils sont microscopiques, la seule façon dont nous avons vraiment besoin de les analyser est de séquencer leur ADN. Et ce n'est qu'avec l'avènement, dans les dernières années, de méthodes de séquençage élevé que nous pouvons maintenant réellement utiliser et analyser le microbiome [une collection d'organismes dans un endroit] du sol. C’est donc vraiment le changement dans la technologie de séquençage de l’ADN qui nous a permis de le faire. »

Après une rotation des cultures, c'était un nouveau microbiome courageux. "Ce que cela nous disait, c'est que différentes cultures peuvent repenser complètement la composition microbienne du sol, ", a déclaré Poole.

Poole et ses collègues chercheurs ont commencé par planter du blé dans de petits pots dans une serre contrôlée. Avant et après la culture du blé, le sol a été analysé mais est resté en grande partie inchangé. Mais après que l'avoine et les pois aient été plantés dans ces pots, c'était un nouveau microbiome courageux. Il y a eu une multiplication par cinq des microbes, y compris les champignons, nématodes, et les animaux unicellulaires, qui contribuent tous à la santé du sol.

"Ce que cela nous disait, c'est que différentes cultures peuvent repenser complètement la composition microbienne du sol, ", a déclaré Poole.

La recherche pourrait être utilisée pour développer des variétés de plantes qui encouragent les microbes bénéfiques. Poole imagine même un point où les agriculteurs pourraient séquencer régulièrement le microbiome de leurs champs individuels. Pour le moment, bien que, cela reste prohibitif. Le séquençage que l'équipe de Poole a effectué était sur de petits pots de terre et a coûté près de 20 $, 000.

Poole compare un microbiome de sol sain aux avantages des bactéries intestinales chez l'homme.

« Tout comme nous apprécions maintenant la façon dont le microbiome humain, le microbiome intestinal en particulier, a un effet énorme sur la santé humaine, Je pense que nous commençons à voir que le microbiome du sol entourant immédiatement les racines, la rhizosphère, est absolument essentiel pour la productivité et la santé des cultures, ", a déclaré Poole.

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(Crédit image :Stéphanie Vacher / Flickr)


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