Les pétoncles préfèrent les substrats propres, sable ferme, gravier fin ou gravier sableux, parfois avec un mélange de boue. C'est leur habitat naturel. Ils ne survivront que sur des sédiments fins à condition que les vitesses des courants soient raisonnablement lentes pour éviter la perturbation des sédiments, qui pourrait étouffer les coquilles Saint-Jacques, s'ils devenaient couverts. Les sédiments durs ne conviennent pas, car les pétoncles sont incapables de s'enterrer suffisamment pour éviter la prédation.

Profondeur d'eau

Les sites avec une profondeur d'eau comprise entre 15 et 30 mètres sont idéaux. Compte tenu des fluctuations des marées, il est essentiel que les filets ne soient pas en contact avec le fond marin. Cela évite les prédateurs tels que les étoiles de mer et les crabes, qui sont les deux principaux ennemis des coquilles Saint-Jacques, accéder aux filets. Aussi, les sites en eau plus profonde permettent à l'équipement de croissance d'être enfoncé à une profondeur inférieure à l'influence de l'action des vagues et des fluctuations de température excessives.

Salinité

D'habitude, des sites de culture sont choisis pour lesquels la salinité varie entre 30 et 35 psu (unités pratiques de salinité) et où ces conditions de salinité prévalent, c'est la température qui est généralement considérée comme le facteur le plus important affectant les performances du naissain. Cependant, les sites de culture peuvent parfois être soumis à des conditions de salinité plus faibles, en raison de l'augmentation de l'apport d'eau douce des rivières et du ruissellement des terres, suite à de fortes pluies.

Une salinité ambiante de 28 psu ou plus est requise pour une culture réussie des pétoncles. Comme on peut le voir sur la figure, il y a une diminution spectaculaire du taux de croissance en dessous de cette salinité. À des températures plus basses, la croissance à 28 psu sera légèrement inférieure à celle à 30 psu.

Une faible salinité est stressante pour les pétoncles. Le taux de croissance est considérablement réduit et la mortalité peut en résulter. Les pétoncles peuvent tolérer une courte exposition (par exemple, jusqu'à 6 heures par jour pendant 3 jours) à une salinité plus faible (20 psu), bien que cela soit suivi d'une réduction à court terme du taux de croissance et peut également
entraîner la mortalité, en particulier à des températures inférieures à 10°C.

Il est généralement reconnu que l'effet stressant d'une faible salinité est plus important à des températures plus basses. Par exemple, une étude a montré que les pétoncles peuvent survivre à des températures aussi basses que 3 °C à des salinités supérieures à 30 psu, mais ils peuvent mourir à des températures inférieures à 5°C si la salinité tombe à moins de 26 psu. D'autres facteurs de stress, comme l'entassement dans les filets pendant la phase de culture suspendue, réduira la tolérance à l'effet combiné de ces conditions extrêmes. Cela montre l'importance de considérer les profils de salinité locaux sur des sites potentiels où la température hivernale de l'eau de mer a tendance à être basse. Si le site est également sujet à des épisodes de faible salinité, il vaut probablement mieux éviter ce site.

L'eau douce est moins dense que l'eau de mer et dans certaines circonstances, par exemple dans des conditions calmes dans des zones abritées après de fortes pluies, formera une couche, jusqu'à 2 à 3 mètres de profondeur, à la surface.

Les pétoncles ne toléreront pas cela et cela souligne la nécessité de maintenir le matériel de culture suspendu bien immergé sur les sites où ce problème peut survenir.

Température

Il est bien connu que la température de l'eau de mer a un effet majeur sur la croissance saisonnière des mollusques bivalves cultivés. Les taux de croissance des pétoncles mesurés dans les cultures existantes et dans certains sites d'essai en Angleterre et en Écosse étaient fortement corrélés avec la température. Cela se voit dans la recherche, lorsque l'information provient de mesures mensuelles de performance, y compris la croissance, sur quatre sites où des enregistreurs de température en continu ont été déployés.